Ya que el objetivo de FpN es inducir un comportamiento filosófico, y los niños y niñas tienen una marcada tendencia hacia la expresión verbal, la metodología pedagógica que se considera más apropiada es la discusión filosófica. Partiendo de variados recursos se incentiva el diálogo desde el nivel preprimario, ya que es un medio idóneo para que los niños expresen mutuamente sus ideas, aprendan a escuchar las respuestas de sus pares, superen la sensación de que lo que tienen que decir es algo absurdo o inadecuado comprobándolo con el grupo, de tal manera que las experiencias de los demás  también constituyan un aprendizaje.

    La transformación de la clase en una comunidad de indagación se considera indispensable para estimular a los niños y niñas para que piensen y actúen con un nivel de ejecución más alto que el que mostrarían si actuaran individualmente: una genuina comunidad de indagación se basa en el respeto mutuo y el compromiso voluntario por parte de sus integrantes en una búsqueda común. Por " indagación" se quiere dar a entender la constancia en la exploración autocorrectiva de temas que se perciben al mismo tiempo como algo problemático e importante. Desde esta perspectiva teórica, aprender algo es aprenderlo de nuevo con el mismo espíritu de descubrimiento que reinaba cuando fue descubierto, o con el mismo espíritu de invención que predominaba cuando se inventó.

    A través de la  discusión filosófica en el seno de una comunidad de indagación,  los niños y las niñas pueden llegar a sus propios puntos de vista y a sus propias conclusiones. La filosofía insiste en el rigor lógico, pero sólo como un medio para hacer el pensamiento más efectivo, y no en función de lograr una absoluta concordancia entre las ideas de todos. El énfasis del programa está en el proceso mismo de la discusión,  y no en el logro de una conclusión específica. Aunque no se enseñan  temas filosóficos a los niños, el docente debe buscar la reflexión y el cuestionamiento característicos del comportamiento filosófico. Gradualmente los niños comienzan a descubrir que una  discusión filosófica tiene un estilo diferente de cualquier otro tipo de discusión, comienzan a darse cuenta de que son capaces de compartir ideas, experiencias y perspectivas unos con otros. Empiezan a valorar los puntos de vista de otras personas, y la  importancia de dar razones que apoyen sus propias opiniones. Cobra  sentido, entonces, la objetividad, y la necesidad de examinar cuidadosamente los problemas en vez de quedar satisfechos con expresar sus opiniones en forma rudimentaria y superficial. http://www.izar.net/fpn-argentina/esp_filo3.htm